Đang chuẩn bị liên kết để tải về tài liệu:
Dự đoán gen biểu hiện cao cho thiết kế gen dùng trong tái tổ hợp

Bài viết này đề xuất một hướng tiếp cận mới để phân cụm dữ liệu ứng dụng để xác định nhóm các gen có đặc trưng giống nhau về xu hướng sử dụng codon để dự đoán HEG. Các thực nghiệm được triển khai trên hai thuật toán PAM (Partitioning Around Medoids), CLARA (Clustering for Large Applications) cho việc phân cụm dự đoán HEG. Các kết quả thu được cho thấy CLARA vượt trội hơn PAM về thời gian, chất lượng phân cụm. | Kỷ yếu Hội nghị Khoa học Quốc gia lần thứ IX Nghiên cứu cơ bản và ứng dụng Công nghệ thông tin FAIR 9 Cần Thơ ngày 4-5 8 2016 DOI 10.15625 vap.2016.00017 DỰ ĐOÁN GEN BIỂU HIỆN CAO CHO THIẾT KẾ GEN DÙNG TRONG TÁI TỔ HỢP Dương Thị Kim Chi1 Trần Văn Lăng2 Huỳnh Xuân Hiệp3 1 Khoa Công nghệ Thông tin Trường Đại học Thủ Dầu Một 2 Viện Cơ học và Tin học ứng dụng Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 3 Khoa Công nghệ Thông tin và Truyền thông Trường Đại học Cần Thơ chidtk@tdmu.edu.vn langtv@vast.vn hxhiep@ctu.edu.vn TÓM TẮT Dự đoán gen biểu hiện cao HEG Highly Expressed Gene là một công đoạn quan trọng trong việc tìm gen tối ưu cho quá trình tái tổ hợp. Các gen biểu hiện cao trong tế bào thường có xu hướng có các đặc trưng tương tự nhau chủ yếu là đặc trưng về xu hướng sử dụng codon. Bài viết này đề xuất một hướng tiếp cận mới để phân cụm dữ liệu ứng dụng để xác định nhóm các gen có đặc trưng giống nhau về xu hướng sử dụng codon để dự đoán HEG. Các thực nghiệm được triển khai trên hai thuật toán PAM Partitioning Around Medoids CLARA Clustering for Large Applications cho việc phân cụm dự đoán HEG. Các kết quả thu được cho thấy CLARA vượt trội hơn PAM về thời gian chất lượng phân cụm. Từ khóa DNA tái tổ hợp gen B.subtilis PAM và CLARA HEG HSCU Relative Synonymous Codon Usage . I. GIỚI THIỆU Dự đoán gen phân loại gen để hiểu rõ hơn về cấu trúc và chức năng của gen phục vụ cho các mục đích nghiên cứu cơ bản về sinh học phân tử chẩn đoán bệnh sản xuất dược phẩm cải tạo môi trường cải tạo giống cây trồng. Một ứng dụng khác của phân loại gen đang được quan tâm hiện nay là chọn lựa được gen tốt nhất cho công nghệ tái tổ hợp. Việc sản xuất protein tái tổ hợp thường được bắt đầu bằng việc lựa chọn một gen mong muốn tiếp theo là phân lập gen và cắt gen bằng các enzyme hạn chế. Gen tách được gắn vào một véctơ tạo dòng plasmid và đưa vào một vật chủ ở đó đoạn gen này sẽ được dịch mã thành một protein đặc biệt được gọi là protein tái tổ hợp. Để có thể chọn được một đoạn gen mong