Đánh giá hiệu năng của hệ thống là một trong những nhiệm vụ cần thiết để đưa ra những nhận xét, kết luận về tốc độ tính toán, tính hiệu quả của toàn bộ hệ thống. Đối với hệ thống tính toán song song phân cụm, việc đánh giá hiệu năng sẽ được tiến hành dưới hai mức độ. Đánh giá hiệu năng từng thành phần trong hệ thống: Gồm phần cứng và phần mềm. Đánh giá hiệu năng phần cứng được thực hiện dựa trên các số đo: Tốc độ tính toán của CPU, tốc độ truy cập vào.