Chất thải nguy hại cũng có thể xử lý bằng phươg pháp sinh học ở điều kiện hiếu khí và yếm khí như chất thải thông thường. Tuy nhiên, bổ sung chủng loại vi sinh phải thích hợp và điều kiện tiến hành được kiểm soát chặt chẽ hơn. Quá trình hiếu khí. Quá trình xử lý sinh học hiếu khí là quá trình hoạt động của vi sinh vật chuyển chất hữu cơ thành các hợp chất vô cơ (quá trình khoáng hoá) trong điều kiện có oxy. Sản phẩm của quá trình là CO2, H2O, Quá trình yếm khí