Vịnh Nha Trang – Nha Phu là nơi tiếp giáp của hệ thống nước mặn từ Biển Đông và nước ngọt từ cửa các con sông chính như Sông Cái, Sông Cửa Bé, sông Dinh (Ninh Hòa) gây nên sự tương tác khá mạnh giữa hai hệ thống nguồn nước, tạo nên các nền nhiệt – muối, có ảnh hưởng đáng kể đến phân bố dòng chảy và môi trường vùng Vịnh, cửa sông. Để làm rõ những nhân tố cơ bản ảnh hưởng tới dòng chảy, nhiệt độ, độ mặn và tải lượng chất thải từ sông ra biển,.