Phân hữu cơ dùng trong nuôi thuỷ sản gồm 3 loại: Phân chuồng (phân động vật nói chung), chất phế thải hữu cơ trong sinh hoạt, sản xuất và phân xanh (các loại thân lá cây không đắng, không độc như điền thanh, muồng, đậu lạc ). Phân hữu cơ nói chung có đặc điểm là thành phần và hàm lượng chất dinh dưỡng không ổn định. Phân hữu cơ khi bón xuống ao phải qua một quá trình biến đổi, vì vậy hiệu quả bón phân hữu cơ thể hiện chậm. Trong mỗi loại phân hữu cơ thường chứa nhiều.