Tuy nhiên, khuyết điểm của điều khiển PI là các thông số Kp, Ki là cố định, nếu chọn một giá trị Kp quá lớn thì đáp ứng sẽ nhanh nhưng rất dễ mất ổn định và nguợc lại. Hơn nữa, trong lĩnh vực khử hài thì quá trình điều khiển là phi tuyến. Do đó, nếu chỉ sử dụng điều khiển PI truyền thống thì rất khó để đạt được kết quả tốt. Để giải quyết khuyết điểm này người ta thường dùng điều khiển mờ, neural, hoặc dạng kết hợp PI với mờ, neural, .