Tuy đạt được không ít thành tựu, chính sách thuế và trợ cấp của Việt Nam hiện vẫn còn một số hạn chế xét trên quan điểm hiệu quả phân bổ nguồn lực và nâng cao năng lực (cạnh tranh) của các ngành hàng và còn bất cập so với qui định của sách thuế quan, chính sách trợ cấp để bảo hộ các ngành hàng chưa thực sự hiệu quả. Mức bảo hộ thực tế nói chung và thuế quan (danh nghĩa) nói riêng vẫn còn quá chênh lệch (với nhiều dòng thuế đỉnh) giữa các ngành hàng là một trong nhiều nguyên.
