Axit clohidric có vai trò rất quan trọng đối với quá trình trao đổi chất của cơ thể. Trong dung dịch dạ dày của người có axit clohidric với nồng độ khoảng từ 0,0001 đến 0,001 mol/l (có độ pH tương ứng là 4 và 3). Ngoài việc hòa tan các muối khó tan, axit clohidric còn là chất xúc tác cho các phản ứng thủy phân các chất gluxit (chất đường, bột) và chất protein (chất đạm) thành các chất đơn giản hơn để cơ thể có thể hấp thụ được. Lượng axit clohidric trong dịch vị dạ dày.