Enzyme có trong tất cả các cơ quan, mô của sinh vật, nhưng để thuận lợi về kinh tế , người ta chỉ dùng những vật liệu cho phép thu một lượng lớn enzyme với hiệu suất cao. Hiện chúng ta sử dụng 3 nguồn nhiên liệu sinh học cơ bản để thu nhận protease: các mô và cơ động vật , mô và cơ quan động vật , mô và cơ quan thực vật , tế bào vi sinh vật.