Từ các đơn phân nucleotide liên kết lại bằng liên kết photphodiester tạo nên chuỗi polynucleotide. Các ribonucleotide nối với nhau cho chuỗi polyribonucleotide, còn các dezoxiribonucleotide nối với nhau sẽ tạo nên chuỗi poly dezoxiribonucleotide. Liên kết ester được tạo ra từ nhóm C3 -OH của nucleotide trước với nhóm OH còn lại của H3PO4 ở đầu 5 của nucleotide sau. Hai nhóm OH loại 1 phân tử nước và nối lại với nhau bằng liên kết ester. Như vậy, phân tử H3PO4 đă tạo ra 1 liên kết ester trong nucleotide và 1 liên kết ester nối 2 nucleotide lại với nhau, do đó gọi.
