Trên thực tế, nhiều hồ sơ thành lập mới DN có NĐT nước ngoài góp vốn hoặc mua cổ phần dưới 49% khó được thụ lý ở các phòng đăng ký kinh doanh của Sở Kế hoạch và Đầu tư nhiều tỉnh, hoặc bị chuyển qua lại giữa các phòng ĐTNN và phòng đăng ký kinh doanh, vì không xác định được là DN có vốn ĐTNN hay DN trong nước. Hoặc có DN Việt Nam hoạt động trong lĩnh vực phân phối có NĐT nước ngoài tham gia mua cổ phần, góp vốn (mặc dù chưa đến 5%) đã.