Công ty Công Trình Đường Thuỷ tiền thân là Công ty Công Trình Đường Sông I được thành lập theo quyết định số 288 QĐTC ngày 01-07-1972 thuộc tổng công ty xây dựng đường thuỷ (Bộ Giao Thông Vận Tải). Từ ngày thành lập đến nay công ty đã qua 3 lần thay đổi tên. Năm 1983, công ty Công trình đường sông I đổi tên thành Xí nghiệp cầu cảng 204 trực thuộc liên hiệp các Xí nghiệp Quản lý Giao Thông đường thuỷ II. Năm 1986, Xí nghiệp cầu cảng 204 lại đổi tên thành Xí nghiệp Công.