Sau khi tỉnh Bắc Ninh được tái lập năm 1997, theo quyết định số 21/UB ngày 03/02/1997 của Ủy ban nhân dân tỉnh Bắc Ninh, Công ty Thương mại Bắc Ninh được thành lập trên cơ sở được chia tách từ Công ty Thương mại Hà Bắc. Công ty Thương mại Bắc Ninh là một doanh nghiệp nhà nước trực thuộc Sở Thương mại và Du lịch tỉnh Bắc Ninh, là đơn vị kinh tế hạch toán độc lập. Năm 2002 Công ty nhận được quyết định số 85/QĐ-UB ngày 09/08/2002 của Ủy ban nhân dân tỉnh Bắc Ninh “V/v cổ phần hóa công ty Thương.