Theo nhiều giáo viên, một khó khăn nữa khi triển khai dạy các môn khoa học tự nhiên bằng tiếng Anh là hệ thống các kỳ thi hiện nay đều thi bằng tiếng Việt. Vì vậy mà câu hỏi đặt ra là “Vậy nếu học sinh chỉ học các kiến thức bằng tiếng Anh nhưng lại phải thi bằng tiếng Việt thì có thiệt thòi cho các em khi tham gia các kỳ thi này hay không?”