Xử lý nước thải dựa trên hoạt động sống của vi sinh phân giải chất hữu cơ nhiễm bẩn làm nguồn dinh dưỡng và tạo ra năng lượng - Có thể khử các chất muối amon, nitrat, sulfit - Nước thải trước khi xử lý sinh học phải qua xử lý sơ bộ loại bở một phần chất rắn,váng có thể qua công đoạn hoá lí để loại bỏ chất độc hại cho sự phát triển của vi sinh vật.