Công ty Cổ phần Giày Bình Định tổ chức bộ máy quản trị theo mô hình trực tuyến chức năng. Với hình thức tổ chức này, Công ty vừa đảm bảo cho người lãnh đạo cao nhất toàn quyền quản lí và ra quyết định, phản ứng kịp thời với bất cứ hoàn cảnh nào của quá trình sản xuất kinh doanh. Còn các phòng ban phòng ban phân xưởng có chức năng tham mưu lên xuống cho người lãnh đạo, giảm nhẹ công việc cho giám đốc. Ngoài ra nó còn đảm bảo cho tính thống nhất, chuyên môn.