Tại giao diện khởi động của MBSA, người dùng sẽ thấy ba lựa chọn cơ bản và rất đơn giản gồm: Scan a computer (quét một máy tính), Scan multiple computers (quetá nhiêuì máy tính) và View existing security scanreports (xem báo cáo quá trình quét). Tại đây, người dùng cũng nhận được các liên kết đến các tài liệu về chương trình và trang web bảo mật của Microsoft. Các tùy chọn quét là khá đơn giản, có thể phù hợp ngay cả cho người sử dụng thiếu kinh nghiệm. Không những vậy, nếu không hiểu những gì có.
