Ứng dụng công nghệ sinh học để xử lý chất thải quốc phòng đặc chủng là hướng đi đúng đắn và trở thành thế mạnh của Phân viện. Trước đây, các dây chuyền công nghệ xử lý chất thải lắp đặt trong các nhà máy, xí nghiệp, cơ sở bảo đảm kỹ thuật trong quân đội thường có thiết bị lớn, cồng kềnh, dẫn đến chi phí lắp đặt lớn, giá thành xử lý cao.