Nguyên nhân đầu tiên được Tổng Thanh tra đề cập là cơ chế, chính sách chưa đầy đủ, kịp thời, một số trường hợp chưa bảo đảm quyền lợi chính đáng của người dân. Nguyên nhân thứ hai là do lịch sử để lại, như nhiều vụ tranh chấp đất đai đòi lại đất cũ. Nguyên nhân thứ ba là trong quá trình giải quyết khiếu nại tố cáo, bên cạnh những địa phương hết sức trách nhiệm, tích cực giải quyết khiếu nại, tố cáo của người dân, thì cũng có nơi giải quyết chưa dứt điểm, rõ ràng,.
