Quy trình kiểm toán ngân sách nhà nước đã được ban hành theo Quyết định số 08/1999/QĐ-KTNN ngày 15/12/1999 của Tổng KTNN đã giải quyết một phần cho các vấn đề trên, tạo cơ sở định hướng thống nhất trong việc kiểm toán chi đầu tư XDCB nói riêng, và kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách nói chung