Sau khi Luật Kiểm toán Việt Nam có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2006, cơ quan Kiểm toán Nhà nước chuyển sang trực thuộc Quốc hội; vị trí Tổng kiểm toán Nhà nước do Quốc hội bầu theo sự đề cử của Ủy ban thường vụ Quốc hội sau khi được sự đồng ý của Thủ tướng Chính phủ. Nhiệm kỳ của Tổng Kiểm toán Nhà nước là 7 năm, có thể được bầu lại nhưng không quá 2 nhiệm kỳ. Sửa đổi này được đưa ra nhằm đảm bảo việc kiểm soát ngân sách nhà nước.