AVR có 32 thanh ghi chức năng chung và chúng được liên kết trực tiếp với ALU đây là điểm khác biệt của AVR và tạo cho nó một tốc độ xử lý cực cao. Các thanh ghi được đặt tên từ R0 tới R31. Và đặc biệt cặp 6 thanh ghi cuối (từ R6 tới R31) từng đôi một tao thành các thanh ghi 16 bit sử dụng làm con trỏ trỏ tới bộ nhớ chương trình và dữ liệu. Chúng lần lượt có tên là X, Y, Z.