Vi khuẩn hại thực vật là các sinh vật nguyên sinh đơn bào không có diệp lục, dạng hình gậy, hai đầu hơi thon tròn, kích thước nhỏ bé (1-3,5 x 0,5-1 μm). Có loài vi khuẩn không có lông roi hoặc có thể có 1, 2 hay nhiều lông roi ở một đầu, hai đầu hay xung quanh tế bào.