Cũng như ở nhiều nước trên thế giới, ô nhiễm là vấn đề gây lo ngại ở Nhật Bản. Ô nhiễm môi trường ở Nhật xuất hiện cùng với quá trình công nghiệp hóa từ thời Minh Trị (1868-1912) mà vụ đầu tiên khá tai tiếng là vụ nhiễm độc đồng do nước thải từ mỏ đồng Ashio ở tỉnh Tochigi năm 1878.