Nguyên nhân trẻ biếng ăn rất phức tạp, đa dạng và có nhiều. Tuy nhiên, có một số nguyên nhân cơ bản sau: trẻ biếng ăn do nguyên nhân tâm lý xã hội; do bệnh lý (trẻ sắp bệnh, đang bệnh, vừa bệnh xong; do bị trào ngược, bị sứt môi chẻ vòm ăn uống khó khăn); do trẻ thiếu sắt, kẽm, lysin; cũng có khi do biếng ăn bẩm sinh; do chế độ ăn không hợp lý