Hợp tác Hải quan Việt Nam – Hoa Kỳ đã được hai nước đề cập tới lần thư nhất vào năm 1997, lần thư hai năm 2002. Tuy nhiên, trong cả hai lần này hai bên chưa thống nhất được quan điểm về nội dung hợp tác cũng như thẩm quyền hoạt động của mỗi bên nên chưa đạt được kết quả nào chính thức. Đến năm 2007, Hải quan Hoa Kỳ đã trao cho đoàn đại biểu của Hải quan Việt Nam bản chào Hiệp định cấp Chính phủ giữa Hoa Kỳ và Việt Nam về hỗ trợ lẫn.