Trong nhiều hóa chất sử dụng trong nông nghiệp, người ta có thể phân biệt các chất khoáng (vô cơ) và các chất hữu cơ tổng hợp. Chúng là các chất gây ô nhiễm thượng nguồn của đất trồng. Nhưng sự gián đoạn của chu trình vật chất trong các hệ sinh thái nông nghiệp hiện đại còn gây một ô nhiễm ở hạ nguồn nơi một số đất đai. Thật vậy, các núi rác khổng lồ có nguồn gốc nông nghiệp, sản phẩm do sự khai thác hay sự tiêu thụ sản lượng động vật và thực vật thì.