Quy trình quản lý thu thuế từ trước đến nay luôn là một quy trình chứa đựng rất nhiều khó khăn, phức tạp, vì nó liên quan đến lợi ích giữa các chủ thể trong xã hội. Mặc dù thuế GTGT đã được đưa và nước ta hơn 11 năm, song vấn đề nâng cao hiệu quả quản lý, nhằm mục tiêu thu đúng thu đủ, thu kịp thời vào NSNN vẫn luôn nhận được sự quan tâm của các cán bộ ngành thuế và nhân dân.