Các trại giống hải sản có quần thể vi sinh vật đa dạng, bao gồm một số loài gây bệnh, một số loài không gây bệnh và một số loài hữu ích, và khả năng duy trì sự cân bằng thích hợp của các nhóm vi sinh này có thể là chìa khoá thành công trong việc quản lý môi trường nuôi.