Là những sinh vật nhỏ bé không thể nhìn thấy hoặc khó nhìn thấy bằng mắt thường, có thể được chia ra thành 5 nhóm như sau: Nhóm vi khuẩn (bacteria), nhóm bào tử nấm (fungi), nhóm tảo - thực vật phiêu sinh (algae), nhóm phiêu sinh động vật (zooplankton) và nhóm cuối cùng là virus (viruses). Nhóm của các sinh vật nhỏ bé này có ý nghĩa quan trọng đối với hệ sinh thái trong ao nuôi đó là nhóm vi khuẩn và vi tảo