Tốc độ tăng trưởng kém, bệnh tật, tỉ lệ chết xảy ra ở các ao nuôi tôm ngay cả khi mọi biến số quan trọng của chất lượng nước được đo trong cột nước ở trong mức chấp nhận được, tình trạng đáy ao xấu được cho là hạn chế nghiêm trọng đến năng suất nuôi của ao nuôi bán thâm canh và thâm canh. Do môi trường đất đáy ao diễn ra nhiều quá trình phản ứng tác động đến chất lượng nước nên người nuôi tôm luôn phải chú trọng đến các vấn đề như là:.