Ngoài các yếu tố quan trọng của chất lượng nước như oxygen hòa tan, nhiệt độ, độ mặn, pH, đồ kiềm, ammonia, nitrite, sulfide, BOD phải theo dõi trong hoạt động nuôi tôm thì thuốc trừ sâu và kim loại nặng có từ các hoạt động nông nghiệp và công nghiệp khác đổ vào nguồn nước sử dụng nuôi tôm cần được theo dõi và kiểm soát.