Mối quan hệ giữa vi khuẩn và vật nuôi đã được công nhận là yếu tố quyết định đến sức khỏe của vật nuôi. Vi khuẩn trong hệ đường ruột của động vật thủy sinh đóng vai trò quan trọng đối với khả năng tiêu hóa của vật nuôi. Vì vậy, hệ vi sinh vật đường ruột sẽ ảnh hưởng đến vật nuôi về mặt dinh dưỡng, sự đáp ứng miễn dịch và khả năng đề kháng bệnh của vật nuôi