Cách phổ biến để gia tăng năng suất tự nhiên của ao nuôi thủy sản là gia tăng độ phì diêu của ao bằng phân bón vô cơ và hữu cơ. Đối với các loài tôm cá ăn đáy thì động vật đáy đóng góp quan trọng trong thức ăn của chúng và ví thế bón phân cho đất thay vì cho nước là càng hiệu quả. Bón phân thường theo sau bón vôi khoảng 20-25 ngày. Phân bón phải rải đều khắp đáy ao và đảo trộn.