Dùng vi sinh đúng liều lượng giúp cân bằng sinh thái, diệt các vi khuẩn có hại gây bệnh cho tôm. Các chế phẩm vi sinh sẽ không hiệu quả nếu môi trường nước thiếu oxy, sử dụng các loại hoá chất độc hại làm tê liệt tầng đáy ao, do đó tảo không phát triển được sẽ sinh ra hiện tượng thối ao.