Thị trường ngày nay đòi hỏi cá rô phi cũng như các sản phẩm thủy sản nói chung phải bảo đảm an toàn vệ sinh thực phẩm. Vì vậy, người sản xuất phải quan tâm đến vấn đề này. An toàn vệ sinh thực phẩm, đối với nuôi cá rô phi cần phải đạt những yêu cầu: - Sản phẩm cá không bị nhiễm vi sinh đặt biệt là bệnh Streptrococus, không nhiễm hóa chất độc hại (Chloramfenicol) và không chứa các ion kim loại nặng như Cu++, Hg++, Pb++, Ng++, và Fe. .