Để phòng bệnh thối cổ rễ, khi làm vườn ươm cây giống, nhà nông nên chọn nơi đất tốt, cao ráo, dễ thoát nước. Không nên làm vườn ươm ở những nơi trước đây đã từng bị bệnh lở cổ rễ và các loại nấm bệnh khác. Bệnh thối gốc ở rau, khi mới xuất hiện, nếu quan sát kỹ có thể thấy những vết bệnh có màu khác với vỏ cây, phần vỏ này bị rộp lên, sau đó lan dần bao quanh toàn bộ phần cổ rễ hoặc gốc cây. Dần dần phần vỏ này khô teo lại,.