Chất thải lắng tụ trong ao nuôi tôm phát sinh từ nhiều nguồn gốc khác nhau và có sự khác biệt giữa các ao nuôi, bao gồm: Ðất ao bị xói mòn do dòng chảy của nước; đất từ bờ ao bị rửa trôi; phân tôm; thức ăn thừa; xác chết của phiêu sinh vật; các loại vôi, khoáng chất; chất lơ lửng do nguồn nước cấp.