Chùa có tên là Ninh Phúc Tự, ở bên đê sông Đuống, thuộc thôn Bút Tháp, xã Đình Tổ, huyện Thuận Thành, tỉnh Bắc Ninh. Nhiều tài liệu hiện nay cho biết chùa được dựng vào thời Trần. Sách Chùa Bút Tháp (Bùi Văn Tiến, 2000) cũng nói đến vị trụ trì chùa thời Trần là Thiền sư Huyền Quang, Trúc Lâm đệ tam tổ. Dưới sự bảo trợ của triều đình, chùa được trùng tu vào thế kỷ XVII.