Bệnh thối trái do nấm Phytophthora sp gây ra. Thông thường, bệnh gây hại ở những chùm nhãn bên dưới gần mặt đất, hoặc trong tán cây. Bệnh tấn công từ bên dưới đít trái, sau đó lan dần lên và trái rụng khi vết bệnh chiếm khoảng 1/3 trái. Vết bệnh đầu tiên có màu hơi sậm như nhũn nước, sau đó có màu đen xám, ấn nhẹ vào vùng bệnh vỏ trái mềm nhũn và bể, nước chảy ra có mùi thối chua. Vào buổi sáng, có thể thấy những tơ nấm trắng phát triển trên vết bệnh.