Nếu chùa Láng gắn liền với giai đoạn đầu của cuộc đời ngài Từ Đạo Hạnh thì chùa Thầy lại chứng kiến quãng đời sau cùng cho đến ngày thoát xác của vị sư thế hệ thứ 12 thuộc dòng Thiền Ti-ni-đa-lưu-chi này. Chùa Thầy dựa vào sườn Tây Nam một ngọn núi đá vôi có nhiều hang động là núi Thầy tức núi Sài Sơn thuộc làng Hoàng Xá, xã Phượng Cách, huyện Quốc Oai, tỉnh Hà Tây, cách Hà Nội khoảng 30km. Trong một bài ký ghi trên vách núi, Chúa Trịnh Căn đã phác họa cảnh chùa.