Trong công nghệ sản xuất nước quả tự nhiên nói chung, nước dứa tự nhiên nói riêng, một điều gây ảnh hưởng không tốt đến chất lượng sản phẩm trong quá trình tồn trữ là nước quả bị “đục” trở lại hay bị phân lớp. Nguyên nhân là do trong các loại quả chứa một lượng hợp chất Pectin (Faigh, 1995; Tucker &Wood, 1991). Có nhiều giải pháp được đề xuất như dùng chất trợ lọc, xử lý nhiệt, sử dụng chế phẩm enzyme Pectinase (Hohn, 1996), trong số đó giải pháp sử dụng các enzyme thuỷ phân nhóm Pectinase.