Miễn dịch hiển vi điện tử là phương pháp kết hợp kỹ thuật miễn dịch với kỹ thuật hiển vi điện tử để định vị các thμnh phần miễn dịch đặc hiệu, các đại phân tử sinh vật. Phương pháp định vị hiển vi điện tử các thμnh phần miễn dịch trong tế bμo có thể tiến hμnh theo nhiều phương pháp khác nhau. Trước tiên tế bμo cần cắt mỏng tại nhiệt độ thấp (không đúc) hoặc tại nhiệt độ phòng (có đúc). Việc đánh dấu miễn dịch có thể thực hiện trực tiếp hoặc gián tiếp trước khi đúc, sau khi đúc hoặc trên lát cắt lạnh .