Từ năm 2003 đến nay, đã có nhiều genotyp và nhóm kháng nguyên (clade) của virut cúm A/H5N1 được ghi nhận trong quần thể gia cầm tại Việt Nam. Về genotyp, có Z và G (bao gồm VN1-VN9); về nhóm kháng nguyên có clade (nhóm) 1 điển hình, xâm nhập vào Việt Nam từ 2003, clade xuất hiện sau 2007 và clade trong những năm gần đây. Từ các mẫu bệnh phẩm thu thập trong giai đoạn 2004 – 2011, toàn bộ gen HA (H5) (1704 – 1707 bp) của 14 chủng virut cường độc A/H5N1.