Mặc dù việc viết phần mềm cho máy tính nhúng thoạt đầu nghe có vẻ đơn giản, đặc biệt là với các lập trình viên dày dạn kinh nghiệm, tuy nhiên có những trở ngại mà họ cần phải biết cách tránh: (1) Sử dụng quá nhiều bộ nhớ flash của máy tính nhúng, (2) Rò rỉ bộ nhớ do bộ nhớ động không sử dụng đến không được tháo ra (3) Tạo ra các ứng dụng không lường được các lỗi có thể xảy ra. Do các hệ thống nhúng thường phải hoạt động mà không có giám sát.