Cơ chế thải loại ghép là do không có hoà hợp mô (MHC - Major Histocompatibility Complex). Ngay như khi có hoà hợp về HLA thì tỷ lệ thải loại vẫn còn, dù rất thấp bởi lẽ tính cực kỳ đa dạng của các kháng nguyên hoà hợp mô với những kháng nguyên MHC thứ yếu khác như HLA - G, F, MICA, MICB Khi nào chưa tạo nên được một tình trạng dung thứ miễn dịch đối với mảnh ghép như Medawar đã làm thực nghiệm trên chuột cách đây hơn nửa thế kỷ thì người ta còn cần.