Cơ chế thải loại ghép là do không có hoà hợp mô (MHC=Major Histocompatibility Complex). Ngay như khi có hoà hợp về HLA thì tỷ lệ loại vẫn còn, dù rất thấp bởi lẽ tính cực kỳ đa dạng của các kháng nguyên hoà hợp mô với những kháng nguyên MHC thứ yếu khác nh- HLA-G, F, MICA, MICB