Hợp chất thiên nhiên (hay hợp chất tự nhiên) là các chất hóa học có nguồn gốc từ thiên nhiên hoặc được con người tách ra từ các loại động vật, thực vật trong tự nhiên có hoạt tính sinh học hoặc có tác dụng dược học dùng để làm thuốc. Ngành hóa học chuyên nghiên cứu để chiết tách và chuyển hóa các hợp chất tự nhiên gọi là ngành hóa học các hợp chất thiên nhiên (hay hóa học các hợp chất tự nhiên)