Các ứng dụng hỗ trợ Java trên nền web có thể còn tồn tại những lỗi bảo mật rất nguy hiểm. Hiện nay, các ứng dụng hỗ trợ Java trên nền web đang ngày càng hạn chế và ít được sử dụng, tuy nhiên hiện vẫn còn khá nhiều trang web chạy các ứng dụng hỗ trợ Java. Và đi kèm với đó là mối hiểm họa từ các lỗ hổng bảo mật, có thể khiến máy tính của bạn bị nhiễm malware hay virus. Cách đây không lâu, hơn máy Mac đã bị nhiễm Trojan do một lỗ.