Nguyên nhân có thể do chưa phân tích hết các chỉ tiêu, đặc biệt các chỉ tiêu hữu cơ, do đó khi quá trình lên men, phân huỷ nhiều hợp chất như H2S, NH3 gây mùi khó chịu Công nghệ xử lý thường áp dụng công nghệ sinh học. Tuy nhiên để xử lý triệt để phải có các thiết bị và hệ thống đồng bộ nmới xử lý được